Un patrimoine naturel d’intérêt pour l’Europe
Les habitats les plus remarquables du site sont les encorbellements à lithophyllum, les tombants à coralligène et surtout les grottes sous-marines. En effet, la côte calcaire du massif est l’une des plus riches d'Europe en grottes sous-marines dans lesquelles de nombreuses espèces « nouvelles pour la science » ont été trouvées. L’herbier de posidonies, habitat prioritaire de la directive « Habitats », est aussi bien représenté, même s’il ne compte pas parmi les plus beaux de Méditerranée occidentale.
L'herbier de posidonies est l'écosystème pivot des espaces littoraux méditerranéens pour l’importance de sa production primaire, la richesse et la diversité de sa faune, le maintien des rivages en équilibre, son rôle de frayère et de nurserie, la valeur esthétique des paysages sous-marins qu’il compose.
Cet habitat est particulièrement riche en espèces patrimoniales protégées comme la grande nacre (Pinna nobilis) ou endémiques comme l’hydraire Monotheca posidoniae.
Ses principales menaces sont liées aux espèces invasives (Caulerpa racemosa), au rejet urbain de Cortiou, aux aménagements du littoral ainsi qu’à l’impact des ancrages et du chalutage illicite.
Le coralligène est une formation de concrétionnements d’algues rouges calcaires. C’est un milieu d’exception d’une grande richesse biologique, d’importance patrimoniale, qu’il convient tout particulièrement de préserver. Les fonds coralligènes constituent, avec l’herbier de posidonies, un des principaux réservoirs de biodiversité en zone littorale.
L’état de conservation général de l’habitat est bon avec toutefois des menaces importantes : rejet urbain de Cortiou, menace naturelle (réchauffement général avec anomalies thermiques estivales), altération générale des eaux littorales, et dans des secteurs limités : ancres de bateau, filets de pêche.
Parmi les habitats d’intérêt communautaire du littoral calanquais il faut sans doute citer les encorbellements à Lithophyllum lichenoides, constructions biogènes formées par des algues calcaires, constituant des sortes de trottoirs dans la zone de déferlement des vagues. Ces trottoirs sont des formations rares sur nos côtes, mais présentes sur la quasi-totalité du linéaire des Calanques. En particulier, les trottoirs de la calanque d’En Vau et de l’archipel de Riou (calanque des Contrebandiers), pouvant atteindre 1,5 m voire 2 m de large, représentent un véritable trésor patrimonial, d’une grande valeur esthétique, qu’il faut préserver du piétinement.
Les grottes des Calanques et de l’archipel de Riou sont parmi les plus intéressantes de Méditerranée et font l’objet d’études très approfondies sur les conditions extrêmes qui y règnent. La plus connue est sans aucun doute la grotte Cosquer, au niveau du cap Morgiou, ayant une très forte valeur patrimoniale et archéologique.
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