Le GIP des Calanques est souvent informé d’infractions, dont la plupart correspondent à des travaux réalisés sans autorisation, commises dans le périmètre du Site Classé des Calanques ou du Site Natura 2000. Le groupement qui n’a pas de pouvoir de police, informe alors les services compétents, avec lesquels s’est mis en place un partenariat étroit : Service Départemental d’Architecture et du Patrimoine, Direction Régionale de l’Environnement, Services municipaux concernés, et bureau de l’urbanisme de la Préfecture des Bouches-du-Rhône. Ceux-ci mettent en œuvre la procédure adaptée en fonction de la nature et de la gravité des infractions.
Afin de répondre pleinement à son rôle d’animation et de coordination de la gestion du Site Classé des Calanques, il a été décidé avec les gestionnaires publics d’organiser un groupe de travail bimestriel intitulé « Groupe de travail Propriétaires et Gestionnaires publics du Site Classé des Calanques ». L’objectif est de créer un espace de discussion et d’échange permettant dans un même temps d’approfondir une problématique particulière à l’ordre du jour et de répondre aux questions diverses soulevées par les partenaires (Ville de Cassis, Ville de Marseille, Département des Bouches-du-Rhône, Office National de Forêts et Conservatoire du Littoral).
Dés 2002, les membres du GIP – propriétaires, gestionnaires – ont mis en place une procédure commune permettant l’instruction des demandes d’autorisations de manifestations, prises de vues et de manœuvres militaires.